Dal punto di vista orografico, tutta la parte occidentale della Colombia (quasi la metà della sua superficie totale) è montagnosa, avendo tre catene andine (la Cordillera Occidental, quella Central e quella Oriental) che la percorrono da nord a sud, per lo più parallelamente.

Si ergono però anche massicci distaccati quali la Sierra Nevada di Santa Marta -che si affaccia sulla regione caraibica- e i monti della Serranía della Macarena, ad oriente; il resto del Paese è caratterizzato da pianure, come quelle alluvionali del bacino dell’Orinoco (la regione de Los Llanos) e le foreste pluviali dell’Amazzonia e del Choco biogeografico, a nord-est, mentre nella parte nord-occidentale del paese vi sono deserti. Sulla costa del Pacifico c’è infine la giungla, che detiene il primato di precipitazioni atmosferiche.

Il fiume Magdalena attraversa quasi tutto il Paese da Sud a Nord, per una lunghezza di 1538 Km, di cui 1230 navigabili; oltre ad essere il più lungo fiume interamente andino del Paese, lo è anche dell’intero continente, e con il suo affluente Cauca rappresenta la principale struttura idrica della Colombia. I loro letti, infine, aprono fra le cordigliere due ampie vallate, la Valle del Cauca e la Valle del Magdalena, prima che essi si riuniscano per sfociare nel Mar dei Caraibi nei pressi di Baranquilla.

Ecco dunque spiegata l’immensa verietà della flora e della fauna colombiana; la presenza contemporanea di numerose zone climatiche e diversi microclimi, infatti, ha creato habitat differenti ed isole biologiche, per fortuna lasciate incontaminate.